1、換水過程中造成：
　　絕大多數飲水機的結構一般是由桶裝水的桶頸倒過來放在飲水機的座上，在桶裝水裝上飲水機以后，每放出一升，必定有相應的一升體積的空氣夾帶的灰塵、多種細菌也隨之附著在飲水機內部，此后細菌會在飲水機內不斷繁殖，呈淡黃色，黏滑感。時間一長就可達到危害人體健康的程度。

　　2、飲水機內部結構造成：
　　桶裝水里的水通過飲水機軟管流入兩個水膽內，一個是熱水膽，一個是冷水膽，這兩個水膽除了將冷熱水分區之外，還起到沉淀水中雜質的作用，問題就出在水機座以及冷熱水膽內的三個部分。人們通常在桶裝水喝完之后，只重新換上一桶水就了事，卻忽視了在換水過程中，飲水機內膽還會一直存有近1000毫升的水，一桶水喝的時間越長，空氣所夾帶的細菌繁殖的數字就越驚人。停用一段時間或高溫高濕條件下的飲水機，造成的二次污染更大。
　

　3、 加熱過程中造成：
　　由于桶裝水在經過長時間的加熱升溫，容易產生水垢，附在儲水斗或熱膽內，長時間累積會形成一層層黃色物質，二次污染桶裝水。